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Interfaz revela que variantes del virus SARS-CoV-2 siguen mutando y evolucionando

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Un análisis de cantidades masivas de datos genéticos sobre el virus SARS-CoV-2 sugiere que las variantes de COVID-19 en todo el mundo están evolucionando repetidamente las mismas mutaciones, según un estudio publicado hoy en «eLife» y llevado a cabo por investigadores del Instituto Francis Crick.

El análisis fue posible gracias a una nueva herramienta basada en la web llamada Taxonium que permite el análisis de resmas de datos recopilados por científicos de todo el mundo para monitorear la trayectoria genética del virus. El taxonio puede ser utilizado por los científicos para monitorear la evolución del SARS-CoV-2 y otros virus u organismos.

Los científicos han rastreado durante mucho tiempo la evolución de los virus. Pero la situación urgente creada por la pandemia de COVID-19 lanzó una colaboración global masiva que recolectó y secuenció los genomas de 13 millones de muestras de SARS-CoV-2, muchos más datos genéticos de los que se habían generado antes. Sin embargo, la mayoría de las herramientas existentes diseñadas para rastrear la evolución viral no pueden manejar tantos datos.

«Necesitábamos una nueva herramienta que nos permitiera explorar el árbol genealógico representado por estos millones de secuencias del genoma del SARS-CoV-2», dice el autor del estudio, Theo Sanderson, miembro de Sir Henry Wellcome en el Instituto Francis Crick en Londres, Reino Unido.

Para ayudar, Sanderson creó Taxonium, una interfaz gratuita basada en la web que permite a los científicos analizar las relaciones genéticas entre decenas de millones de muestras de virus. Los científicos pueden acceder y analizar los datos a través de un sitio web o una aplicación de escritorio. Taxonium puede ayudarlos a buscar virus con mutaciones genéticas específicas, o en un lugar en particular, y acercarse a grandes árboles genealógicos virales para encontrar la información que necesitan.

Sanderson se asoció con científicos de la Universidad de California, Santa Cruz, para construir una versión específica del SARS-CoV-2 del Taxonio llamada Cov2Tree, que organiza datos disponibles públicamente sobre más de seis millones de secuencias de SARS-CoV-2 en árboles evolutivos. Usando la herramienta, el equipo rastreó la evolución reciente del virus SARS-CoV-2 y descubrió que muchas regiones separadas del árbol mostraban la adquisición de cambios similares en la proteína Spike. El análisis sugiere que las mismas mutaciones están ocurriendo una y otra vez en diferentes individuos en todo el mundo y persisten.

«Los científicos de todo el mundo han utilizado Cov2Tree para rastrear la evolución del virus SARS-CoV-2», dice Sanderson. «Pero esta aplicación es probablemente solo el comienzo. El taxonio podría usarse para estudiar el árbol evolutivo de innumerables otros virus y bacterias».

Sanderson señala que Taxonium es solo una parte de un creciente ecosistema de herramientas en línea disponibles gratuitamente para ayudar a los científicos a administrar lo que él llama la «avalancha de datos de secuenciación». Los científicos pueden usar muchas de las herramientas juntas, y algunas de ellas tienen características distintivas de Taxonium que pueden ser más adecuadas para tareas específicas.

«Con la secuenciación cada vez más barata, es probable que los conjuntos de datos de secuencias genéticas tan grandes como los creados para el SARS-CoV-2 se vuelvan más comunes en el futuro», concluye Sanderson. «Las nuevas herramientas para administrar esos conjuntos de datos, como Taxonium, serán cruciales para administrar esta nueva escala de datos».


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